自治州地势南高北低，南部泽库、河南两县属于青南牧区，海拔在3500米以上，气候高寒，是自治州发展畜牧业的主要基地；北部为尖扎、同仁两县，海拔在1900-4118米之间，特别是黄河滨地和隆务河谷地气候温暖，水源充足，土壤疏松肥沃，有着发展种植业的良好条件。
南牧北农，农牧兼作，资源比较优势明显是自治州突出的特点。全州可利用草原面积2454.6万亩，全州耕地面积30.22万亩。主要畜种有牦牛、藏系绵羊、河曲马、山羊等；主要农作物有小麦、青稞、油菜、蚕豆等。自治州水电资源富集，有形成流域开发带的良好条件。境内有大小河流60余条，境内纵贯南北的隆务河全长144公里，理论水电蕴藏量22.05万千瓦，可建15座梯级水电站(已建6座)；黄河流经自治州南北边缘，北段长约70公里，理论水能蕴藏量241.2万千瓦，可建3座大中型电站(李家峡电站已建成、直岗拉卡和康扬电站以进入了建设阶段)，南段长约90公里，可开发水能83万千瓦。主要矿产资源有金、银、铜、铅、锌、锑、砷等25种，已建有同仁双朋西金矿。野生动物主要有藏羚羊、白唇鹿、麝、水獭、雪鸡等；野生药用植物主要有冬虫夏草、大黄、雪莲、马勃等，利于本地药用植物由州东格尔藏药厂开发生产的帕朱胶囊、三十一味松石丸等药品在省内外享有盛名。自治州旅游资源丰富，文化品位高，是青海省重点旅游胜地之一，主要自然和人文景观有：尖扎县坎布拉国家级森林公园、李家峡电站大坝和库区风光、闻名遐迩的同仁历史文化名城、热贡艺术和收入大世界基尼斯纪录的大型卷轴画《中国藏族文化艺术彩绘大观》、藏传佛教寺院隆务寺、南宗尼姑寺、麦秀原始森林风光、泽库和日石经墙、河南圣湖仙女洞及青南草原风光等。
历史沿革
元属吐蕃等处宣慰司辖，明为积石州千户和归德守御千户所辖，清属钦差办理青海蒙古番子事务大臣和循化厅管辖，民国十八年（1929年）置同仁县。民国二十九年（1940年）今同仁、泽库两县的大部分地区，隶属青海省第七督察专员公署。河南地区仍沿袭清代旧制，由蒙古族亲王统辖，尖扎地区属贵德县管辖。
明洪武三年（1370年），设河州卫、改必里万户府为必里千户所，辖黄南南部游牧部落。八年（1375年）改贵德为贵德守御千户所，下设10屯，今黄南州有其7。宣德元年（1426年），今同仁、泽库地区遂由隆务寺夏日仓活佛─隆务囊索代而治之，逐渐形成热贡地区政教合一统治制度。万历年间（1537─1619年），黄南地区为蒙古土默特部洪萨巴图尔控制。清雍正四年（1726年）置驻西宁办事大臣，今河南县由该办事大臣节制。今同仁、尖扎、泽库地区先后属甘肃临洮府、西宁府、河州府、兰州府，分别由贵德厅、循化厅辖治。1929年7月，由甘肃省析置青海省，由循化县析置同仁县，今河南县由省直辖。1937年，省在隆务镇设第七专员公署，辖同仁同德两县。
1949年黄南地区解放，1949年9月22日成立同仁县人民政府，1952年3月17日成立同仁藏族自治区（县级、1953年7月改为县）。1952年7月3日由贵德县析置尖扎藏族自治区（县级、1953年7月改为县），由同仁县析置泽库县。1953年9月30日，政务院批准设立黄南藏族自治区（地级），自治区人民政府驻同仁县隆务寺，辖尖扎、同仁、泽库3县；1953年12月22日正式成立。1955年7月28日，国务院批准黄南藏族自治区更名为黄南藏族自治州。1954年10月成立河南蒙族自治区（县级，1955年6月改称自治县）。1959年1月，经国务院批准，原由省直辖的循化撒拉族自治县、河南蒙古族自治县由黄南州代管。1962年12月，循化撒拉族自治县又恢复省直属地位。1964年，原由省直辖、委托黄南藏族自治州代管的河南蒙族自治县更名为河南蒙古族自治县。1987年设李家峡行委（县级）。2002年，撤销李家峡行委。
每年10月15日为自治州建州纪念日。
2000年，黄南州辖同仁、尖扎、泽库、河南蒙古自治县及李家峡行委。共39个乡镇，其中：农业乡镇21个，牧业乡18个。据第五次全国人口普查数据：黄南州总人口214642人。其中：同仁县77040人、尖扎县51064人、泽库县54288人、河南县32260人。
2001年3月19日，青海省人民政府青政函[2001]21号文批复：①撤销泽库县夏德日乡，设立并命名为泽曲镇（镇政府驻地不变）。②撤销河南县智后茂乡，设立并命名为优干宁镇（镇政府驻地不变）。③撤销尖扎县坎布拉、多加、直岗拉卡3乡，合并设立坎布拉镇（镇政府驻地设在李家峡）；撤销加让乡，并入马克唐镇。④撤销同仁县保安、麻巴2乡，合并设立保安镇（镇政府驻地设在原保安乡）。
2006年8月，黄南州：新增1个镇，乡镇总数由35个（7镇28乡）调整为32个（8镇24乡）。
同仁县：撤销牙浪乡，并入隆务镇。
泽库县：撤销恰科日乡，并入泽曲镇；撤销多福顺乡，设立麦秀镇。
河南县：撤销托叶玛乡，并入优干宁镇。