昌吉历史悠久，在六、七千年以前的新石器时代，昌吉州境内木垒河一带已有原始人类狩猎。公元3世纪初至6世纪中叶，境内先后为高车、突厥、西突厥铁勒部等部族游牧驻地。公元800年，回鹘在高昌建立回鹘汗国，北庭为陪都，自此这里便成了回族聚居区之一。公元十三世纪初，元朝在今吉木萨尔县别失八里设行尚书省，统天山南北畏兀儿之地，成为新疆及邻近地区的政治、军事、文化中心，首府即今吉木萨尔县北庭故城。
昌吉州地处天山北坡经济带的核心区域，抱自治区首府乌鲁木齐市；建有乌拉斯台国家一类季节性口岸和亚中商城国家二类通商口岸；州府昌吉市距乌鲁木齐国际机从东西北三面环场18公里，第二座亚欧大陆桥、312国道、216国道、吐乌大高等级公路、乌奎高速公路和亚欧光缆都从州内通过，是东联内地、西接中亚、欧洲市场的黄金通道。
昌吉地势南高北低，由东南向西北倾斜，南部是富庶的天山山地，中部为广袤的冲积平原，北部为浩瀚的沙漠盆地，此区域为横亘南部的天山的北坡，习惯称之为"天山北坡"。境内有冰川1319条，面积1033平方公里。昌吉光照强、昼夜温差大，适宜并盛产小麦、玉米、水稻、棉花、糖料、油料、西甜瓜和各类水果。矿产资源富集。主要有煤炭、石油、石灰岩、芒硝、石墨、碧玉等50多种，都具备很高的开采价值。
昌吉旅游资源独具特色。有著名的国家级旅游风景区--高山湖泊天池、有始建于汉代的西域历史名城北庭都护府遗址、有距今3000年历史的呼图壁康家石门子原始生殖崇拜岩画、有亚洲最大的恐龙化石发掘地、东方最大的古森林化石群及鸣沙山、原始胡杨林等人文和自然奇观。